Prinsip bioteknologi konvensional adalah menggunakan secara langsung mikroorganisme. Proses yang digunakan pada bioteknologi konvensional adalah proses fermentasi. Dengan fermentasi, bahan makanan tertentu diubah menjadi makanan bentuk lain sehingga cita rasanya leih enak, lebih menarik dan mengandung nilai gizi yang lebih tinggi. Contohnya pembuatan tempe berbahan dasar kedelai menggunakan jamur Rhizopus oryzae, pembuatan Yogurt berbahan dasar susu menggunakan bakteri Lactobacillus bulgaricus dan Streptococcus thermophillus. Pembuatan tapai berbahan dasar beras ketan atau singkong dengan memanfaatkan Saccaromyces cerevisiae, Chlamydomucor oryzae, dan Mucor sp., dan Saccharomyces verdomanii. Pembuatan nata de coco berbahan dasar air kelapa menggunakan bakteri Acetobacter xylinum. Selain itu masih banyak contoh lainnya seperti pembuatan keju, oncom, kecap, tauco, roti, sake dan bir.
Jadi, produk-produk bioteknologi konvensional yang memanfaatkan peran bakteri untuk melakukan fermentasi, yaitu tempe, Yogurt, tapai, nata de coco, keju, oncom, kecap, tauco, roti, sake dan bir.