Sistem monopoli dan pelayaran Hongi yang diterapkan oleh VOC terhadap Maluku mengakibatkan kemarahan rakyat Hitu. Dalam menentang sistem tersebut, rakyat Maluku mengobarkan perlawanan hingga mengakibatkan peperangan antara rakyat Hitu melawan VOC.
Perlawanan berlangsung cukup lama, bermula dari tahun 1635 dan berakhir pada tahun 1817. Rakyat Hitu berhasil membuat VOC kerepotan dalam menghadapi serangan demi serangan yang dipimpin oleh Thomas Matulessy atau yang dikenal dengan Kapitan Pattimura. Dengan kecerdikanya strateginya, rakyat Hitu berhasil menaklukan benteng Duurstede. Namun tidak lama setelah penaklukan tersebut VOC berhasil merebut kembali benteng dari rakyat Hitu.
Perlawnan rakyat Hitu, berulang kali dapat digagalkan oleh VOC. Karena dalam menghadapi perlawananya, VOC melakukan strategi mobilisasi pasukan secara cepat dari Batavia untuk membantu tentara VOC di Maluku. Selain itu, VOC juga melakukan taktik Devide Et Impera atau politik pecah belah untuk mengatasi sulitnya menghadapi perlawanan yang dipimpin oleh Thomas Matulessy.
Dalam melancarkan taktitk Devide Et Impera nya, VOC bekerjasama dengan Raja Booi. Raja yang selama perjuangan dibela oleh Matulessy, berkhianat dan bekerja untuk VOC dengan membongkar strategi serta tempat persembunyian Matulessy. Pada akhirnya, karena pengkhiatan tersebut Thomas Matulessy bersama tokoh pemimpin perlawanan yang lain ditangkap dan dijatuhi hukuman mati oleh VOC.
Jadi, faktor penyebab VOC selalu berhasil mengalahkan perlawanan rakyat Hitu ialah strategi mobilisasi tentara yang cepat dan penerapan strategi Devide Et Impera.