Diketahui bahwa Abdurrahman Wahid atau terkenal dengan sebutan Gus Dur merupakan Presiden Indonesia ke-4 yang terpilih pada tanggal 20 Oktober 1999. Masa jabatannya sebagai presiden berakhir pada 23 Juli 2001. Pada masa pemerintahannya, Presiden Gus Dur mengeluarkan beberapa kebijakan, beberapa di antaranya adalah sebagai berikut.
- Departemen Penerangan dibubarkan, dianggap mengganggu kebebasan pers.
- Departemen Sosial dibubarkan, dianggap sebagai sarang korupsi.
- Menyetujui penggantian nama Irian Jaya menjadi Papua pada akhir Desember 1999.
- Masyarakat etnis Tionghoa diperbolehkan untuk beribadah dan merayakan tahun baru Imlek.
- Diumumkannya nama-nama menteri Kabinet Persatuan Nasional yang terlibat KKN (Korupsi, Kolusi, dan Nepotisme).
- Pencabutan peraturan mengenai larangan terhadap PKI dan penyebaran Marxisme dan Leninisme.
- Membekukan MPR dan DPR.
Akan tetapi, selama pemerintahannya banyak pohak yang kontra terhadap kebijakan-kebijakan yang dikeluarkan oleh Presiden Gus Dur. Hal ini mengakibatkan pemerintahannya tidak berlangsung lama, Presiden Gus Dur harus mundur dari jabatannya pada 23 Juli 2001. Puncaknya, ketika MPR yang saat itu dipimpin oleh Amin Rais, atas usulan DPR mempercepat sidang istimewa MPR. MPR menilai Presiden Gus Dur melanggar Tap. No. VII/MPR/2000 dan atas kebijakan-kebijakannya yang kontroversial. Setelah Gus Dur lengser, kemudian jabatan presiden digantikan oleh wakilnya, yaitu Megawati Soekarnoputri.
Dengan demikian, kebijakan Abdurrahman Wahid pada masa reformasi adalah membubarkan Departemen Penerangan & Sosial, memperbolehkan etnis Tionghoa merayakan Imlek, mencabut peraturan mengenai larangan PKI dan penyebaran Marxisme dan Leninisme, membekukan MPR dan DPR, penggantian nama Irian Jaya menjadi Papua, serta mengumumkan nama-nama menteri yang terlibat KKN .