Pencernaan karbohidrat
Pencernaan karbohidrat kompleks dimulai di mulut dan berakhir di usus halus. Ketika di mulut, makanan yang dikunyah bercampur dengan ludah yang mengandung enzim amilase. Amilase menghidrolisis pati atau amilum menjadi bentuk karbohidrat lebih sederhana, yaitu dekstrin. Bila berada di mulut cukup lama, sebagian diubah menjadi disakarida maltosa. Bolus makanan yang ditelan masuk ke dalam lambung.
Di lambung, makanan dicerna oleh otot lambung sehingga menjadi lembut seperti bubur yang disebut dengan kim. Kim kemudian masuk ke usus halus. Pada usus halus, dekstrin dan maltosa diuraikan dengan bantuan amilase pankreas menjadi disakarida (maltosa, laktosa dan sukrosa). Selanjutnya, disakarida tersebut diuraikan oleh enzim disakaridase (maltase, laktase dan sukrase) menjadi monosakarida. Monosakarida kemudian diabsorpsi di usus halus.
Pencernaan protein
Pencernaan protein dimulai di lambung, dengan bantuan enzim pepsin yang disekresi dalam bentuk tidak aktif yaitu pepsinogen. Kondisi lambung yang asam akan mengaktifkan pepsinogen menjadi pepsin. Pepsin memecah protein menjadi polipeptida.
Pencernaan protein berlanjut di usus halus. Enzim-enzim pankreas yaitu tripsin, kimotripsin, dan karboksipeptidase disekresi dalam bentuk tidak aktif. Enzim enterokinase akan mengubah tripsinogen menjadi tripsin. Tripsin akan mengubah enzim-enzim yang lain ke bentuk aktif. Enzim-enzim tersebut akan mencerna polipeptida menjadi peptida-peptida pendek. Selanjutnya, enzim peptidase dan dipeptidase memecah peptida dan dipeptida menjadi asam amino. Asam amino kemudian diabsorpsi ke dalam kapiler darah usus halus.