Portugis merupakan bangsa Barat pertama yang sampai ke Nusantara setelah menjelajah dunia timur sampai ke India. Di India mereka mendapat informasi dari Tome Pires seorang musafir Portugis yang mengatakan Malaka merupakan pusat dari rempah-rempah. Akhirnya dikirimlah armada untuk menaklukan Malaka dibawah Afonso de Albuquerque pada April 1511.
Setelah menaklukan Malaka, Portugis mendapat perlawanan dari berbagai kerajaan Nusantara seperti Aceh dan Demak. Portugis di Malaka ternyata sadar bahwa Malaka tidak tumbuh rempah-rempah melainkan hanya pusat perdagangan. Setelah itu Portugis kembali menjelajah ke timur yaitu Maluku.
Di Maluku ternyata Portugis bertemu dengan para penjelajah Spanyol yang menetap di Flipina sehingga terjadi konflik disana. Ternate dan Tidore saat itu sedang bertikai karena perebutan wilayah untuk rempah-rempah sehingga Portugis dan Spanyol masuk kedalam konflik tersebut. Portugis memilih bersekutu dengan Ternate dan Spanyol bersekutu dengan Tidore. Konflik tersebut akhirnya diselesaikan dengan perjanjian Perjanjian Zaragoza ditandatangani pada 22 April 1529.
Di Eropa terjadi perubahan politik antara Portugis dan Spanyol yang menyebabkan para pedagang Belanda sulit untuk mendapatkan rempah-rempah hal tersebut mendorong pedagang tersebut menjelajah ke Nusantara. Ian Hugen Van Lincosten seorang pelaut portugis berkebangsaan Belanda menerbitkan catatan perjalanannya bersama Portugis. Hal tersebut mendorong Cornelis De Houtman melakukan penjelajahan hingga akhirnya sampai ke Banten pada Pada 27 Juni 1596. Perubahan bangsa Belanda dari berdagang menjadi ingin menguasai Nusantara terjadi setelah pembentukan VOC pada Maret 1602, VOC diberikan hak oktroi yang mempermudah mereka dalam mengembangkan usahanya di Nusantara seperti melakukan perjanjian dengan raja setempat dan membuat tentara sendiri.
Dari VOC inilah Belanda bisa melebarkan pengaruhnya di Nusantara sampai tahun 1799. Diawal abad ke-19 terjadi perubahan di Eropa yang berpengaruh ke Nusantara yaitu perang Napoleon. Perang Napoleon ini menganti kedudukan Belanda ke pemerintahan Prancis dibawah Deandels. Deandels melakukan beberapa kebijakan kontroversial yang bertujuan mempertahankan pulau Jawa dari Inggris seperti membuat Jalan Raya Pos Anyer-Panarukan. kedudukan Prancis namun tidak begitu lama Inggris berhasil masuk setelah mengalahkan Gubernur Jendral Jansenns.
Setelah Inggris masuk dibawah Raffles terjadi kebijakan sewa tanah yang merupakan wujud kapitalisme eropa di Nusantara namun hal tersebut tidak begitu berhasil karena sistem ekonomi uang belum populer di Nusantara. Raffles akhirnya kembali ke Malaya setelah Konvensi London pada 1814 mengembalikan wilayah Hindia Belanda ke tangan Belanda.