Berdasarkan letak bakal biji atau bijinya, tumbuhan berbiji (Spermatophyta) diklasifikasikan menjadi dua, yaitu sebagai berikut :
- Gymnospermae atau Pinophyta (tumbuhan berbiji terbuka), adalah kelompok tumbuhan yang bakal bijinya tidak terlindungi oleh daun buah (karpel) atau bijinya berada pada bilah-bilah strobilus berbentuk sisik. Contoh yang umum dijumpai dalam kehidupan sehari-hari yaitu Cycas rumphii (pakis haji), Pinus merkusii (pinus), Agathis dammara (damar), Gnetum gnemon (melinjo) dan Ginkgo biloba.
- Angiospermae atau Magnoliophyta (tumbuhan berbiji tertutup) adalah kelompok tumbuhan yang bakal bijinya terlindungi oleh daun buah. Daun buah merupakan ovarium (megasporofil) yang sudah matang dan dindingnya menebal atau berdaging. Contoh yang umum dijumpai dalam kehidupan sehari-hari yaitu golongan tumbuhan dikotil seperti Hibiscus rosa-sinensis (kembang sepatu), Mimosa pudica (putri malu), Arachis hypogaea (kacang tanah), Solanum lycopersicum (tomat), dan lain-lain, serta golongan tumbuhan monokotil seperti Oryza sativa (padi), lmperata cylindrica (alang-alang), Musa paradisiaca (pisang), Cocos nucifera (kelapa), dan lain-lain.