Pada tahun 1961, terdapat rencana pembentukan Negara Federasi Malaysia. Federasi ini rencananya terbentuk dari persekutuan Tanah Melayu, Singapura, Sarawak, Sabah dan Brunei. Namun, rencana ini ditentang oleh Sukarno karena Malaysia dianggap sebagai proyek neokolonialisme Inggris. Sukarno merasa khawatir apabila kawasan Malaya akan jadi pangkalan militer Barat di Asia Tenggara dan bisa mengganggu stabilitas kawasan. Selain Indonesia, Filipina pun tidak menyetujui berdirinya Negara Federasi Malaysia.
Untuk menyelesaikan permasalahan ini diadakanlah Konferensi Tingkat Tinggi Tiga Negara yang menghasilkan Maphilindo, yaitu konfederasi non politik Malaya, Filipina, dan Indonesia. Sayangnya, Pemerintah Malaya justru mengkhianati hasil konferensi ini dan tetap memproklamasikan berdirinya Negara Federasi Malaya. Akhirnya Indonesia memutuskan hubungan diplomatik dengan Malaysia. Selain itu, Presiden Sukarno pun melancarkan kampanye konfrontasi dengan Malaysia. Puncaknya, pada tanggal 3 Mei 1964 Presiden Sukarno mengumumkan perintah Dwikora yang isinya:
- pertinggi ketahanan revolusi Indonesia, dan
- bantu perjuangan revolusioner rakyat Malaya, Singapura, Sarawak, dan Sabah untuk menghancurkan Malaysia.
Dengan demikian, maka Dwikora berisi tentang upaya melindungi revolusi Indonesia dan membantu perjuangan revolusioner masyarakat Malaya, Singapura, Serawak, dan Sabah.