Perang gerilya merupakan sebuah respon atas Agresi Militer Belanda II. Kota Yogyakarta menjadi sasaran utama penyerangan yang dilakukan oleh Belanda. Pada waktu itu, Yogyakarta menjadi ibu kota Indonesia setelah Jakarta dikuasai Belanda.
Belanda kembali masuk ke Indonesia terutama di Pulau Jawa pada tanggal 14 Desember 1948. Kedatangan Belanda untuk melumpuhkan dan menghancurkan semangat militer Indonesia. Berbagai serangan dilakukan oleh pasukan Belanda. Di Yogyakarta, dilancarkan di Pangkalan Udara Maguwo, kemudian berlanjut lewat serangan darat.
Pada tanggal 19 Desember 1948, Yogyakarta mampu dilumpuhkan dan dikuasai pasukan Belanda. Presiden Sukarno, Wakil Presiden Moh. Hatta dan beberapa pejabat Indonesia ditangkap Belanda. Presiden Sukarno diterbangkan ke Prapat sebelum akhirnya kemudian dipindahkan ke Bangka. Sementara Wakil Presiden Moh. Hatta juga turut diterbangkan ke Bangka.
Pada tanggal 22 Desember 1948, Jenderal Sudirman meninggalkan Yogyakarta untuk memimpin perang gerilya. Bersama pasukannya, ia berjalan untuk berpindah-pindah tempat. Mereka berjalan cukup jauh dengan menyeberangi sungai, gunung, lembah, dan hutan.
Jadi, perang gerilya yang dilakukan Indonesia sebagai reaksi dari Agresi Militer Belanda II dipimpin oleh Jenderal Sudirman.