Perang antara Belanda melawan Spanyol selama 80 tahun (1568-1648) telah mendorong Belanda untuk mencari daerah jajahan ke nusantara. Tujuan Belanda datang ke Indonesia, sama dengan bangsa-bangsa Eropa lainnya, yaitu mencari kekayaan, monopoli perdagangan, dan mencari daerah jajahan. Belanda datang pertama kali ke Indonesia pada tahun 1596, di bawah pimpinan Cornelis de Houtman, dan berhasil mendarat di Pelabuhan Banten. Namun kedatangan Belanda diusir penduduk pesisir Banten karena mereka bersikap kasar dan sombong. Belanda datang lagi ke Indonesia dipimpin Jacob van Heck pada tahun 1598.
Pada tanggal 20 Maret tahun 1602, Belanda mendirikan kongsi dagang bernama VOC (Vereenigde Oost Indische Compagnie), dengan tujuan sebagai berikut. Pertama, menghilangkan persaingan yang merugikan para pedagang Belanda. Kedua, menyatukan tenaga untuk menghadapi persaingan dengan bangsa Portugis dan pedagang-pedagang lainnya di Indonesia. Ketiga, mencari keuntungan yang sebesar-besarnya untuk membiayai perang melawan Spanyol.
Kepemimpinan VOC dipegang oleh dewan beranggotakan 17 orang yang berkedudukan di Amsterdam. Oleh pemerintah Belanda, VOC diberi oktroi (hak-hak istimewa) sebagai berikut. Pertama, dianggap sebagai wakil pemerintah Belanda di Asia. Kedua, memonopoli perdagangan. Ketiga, mencetak dan mengedarkan uang sendiri. Keempat, mengadakan perjanjian dan melakukan perang dengan negara lain. Kelima, menjalankan kekuasaan kehakiman dan melakukan pemungutan pajak. Keenam, memiliki angkatan perang sendiri. Ketujuh, mengadakan pemerintahan sendiri.
Untuk melaksanakan kekuasaannya di Indonesia, diangkatlah Gubernur Jendera VOC antara lain sebagai berikut. Pieter Both, yaitu Gubernur Jenderal VOC pertama yang memerintah tahun 1610-1619 di Ambon. Jan Pieterzoon Coen, yaitu Gubernur Jenderal VOC kedua yang memindahkan pusat VOC dari Ambon ke Jayakarta
Dengan demikian, sejarah penjajahan Belanda di Indonesia dimulai sejak kedatangan Cornelis de Houtman pada 1596. Kemudian Belanda membentuk VOC namun bubar pada tahun 1799. Di bawah pemerintah Belanda, kekuasaan di Indonesia di pegang oleh oleh gubernur jenderal Daendels dan Van den Bosch dengan kebijakan-kebijakan yang diterapkannya. Penjajahan Belanda ini berakhir seiring kalahnya Belanda oleh Jepang pada tahun 1942.