Hadirnya kerajaan Islam dan perdagangan di Nusantara berdampak pada perkembangan keilmuan Islam. Hal ini dapat dilihat dari letak wilayah laut Indonesia yang terkenal strategis sehingga mengundang banyak pedagang-pedagang muslim yang berasal dari Arab, India, Persia, dan Cina datang untuk menjual komoditas mereka serta membeli rempah-rempah. Hadirnya para pedagang muslim ini berpengaruh pada timbulnya sebuah interaksi dengan masyarakat pribumi sehingga berkembang agama Islam yang dibawa oleh para pedagang tersebut. Beberapa daerah yang menjadi pusat penyebaran agama Islam seperti pesisir Jawa, Sumatera, Kaliamntan, Sulawesi, dan Maluku. Hadirnya para pedagang muslim dan banyaknya masyarakat pribumi yang mulai memeluk agama Islam berakibat pada lahirnya berbagai kerajaan Islam, seperti Samudera Pasai, Demak, Pajang, Mataram Islam, dan lain-lain.
Agar dapat semakin menyebarkan agama Islam, sultan-sultan yang memerintah berbagai kerajaan Islam tersebut banyak mengundang para ulama pribumi dari kerajaan yang berbeda maupun ulama mancanegara terutama yang berasal dari Timur Tengah. Para sultan dan pejabat tinggi kerajaan banyak mempelajari ilmu Islam dari para ulama. Ilmu Islam tersebut juga akan disebarkan kembali pada masyarakat biasa dalam lembaga pendidikan seperti pesantren. Dalam rangka memperdalam ilmu agama untuk masyarakat, dibangunlah berbagai perpustakaan keraton seperti di Kerajaan Palembang.
Jadi, kerajaan dan perdagangan berhubungan terhadap perkembangan keilmuan Islam di Nusantara. Hal ini dikarenakan para pedagang muslim dari mancanegara banyak berdagang sembari menyebarkan agama Islam di Nusantara. Agama Islam pun meluas di Nusantara sehingga mengakibatkan banyak kerajaan Islam yang berdiri. Kerajaan-kerajaan Islam tersebut mendukung perkembangan keilmuan Islam di Nusantara diantaranya dengan mengundang para ulama, membangun pesantren, mendirikan perpustakaan keraton, dan lain-lain. 