Isomer struktur ada 3 yaitu isomer rangka, isomer posisi dan isomer fungsi. Heksena hanya memiliki 2 jenis isomer struktur yaitu isomer rangka dan isomer posisi.
- Isomer rangka, disebabkan adanya perbedaan rantai atau kerangka atom karbonnya sedangkan rumus molekulnya sama.
- Isomer posisi, disebabkan adanya perbedaaan posisi atau letak ikatan rangkap 2, namun rumus molekulnya sama.
- Isomer posisi, disebabkan perbedaan gugus fungsinya, namun rumus molekulnya tetap sama.
Berikut isomer struktur heksena:

Jadi, isomer struktur dari heksena diantaranya 1-heksena, 2-metil-1-pentena, 2,3-dimetil-1-butena, 3-metil-1-pentena, 4-metil-1-pentena, 3,3-dimetil-1-butena, 2-heksena, 2-metil-2-pentena, 2,3-dimetil-2-butena, 3-metil-2-pentena, 4-metil-2-pentena, 3-heksena.