Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) adalah Presiden keenam (20 Oktober 2004-20 Oktober 2009) dengan Wakil Presidennya, yaitu Jusuf Kalla. Beliau adalah Presiden pertama yang terpilih melalui jalur Pemilu pada tahun 2004. Beberapa kebijakan yang dilakukan SBY adalah sebagai berikut.
- Membentuk sejumlah institusi hukum seperti Mahkamah Agung (MA) dan peradilan-peradilan di bawahnya seperti Komisi Yudisial (KY).
- Membentuk beberapa lembaga baru di ranah eksekutif seperti Kejaksaan Agung, Komnas HAM, Komnas Perempuan, serta Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR).
- Meningkatkan serta mengoptimalisasi penerimaan negara.
- Meluncurkan program Bantuan Operasional Sekolah (BOS).
- Penyelesaian konflik Gerakan Aceh Merdeka (GAM) lewat MoU Helsinki.
SBY kembali terpilih untuk kedua kalinya pada Pemilu 2009. Ia bersama Wakil Presiden Boediono memimpin Indonesia sejak tanggal 20 Oktober 2009-20 Oktober 2014. Berbagai kebijakan yang diambil pada saat itu adalah sebagai berikut.
- Pembentukan Sekretariat Gabungan (Setgab).
- Peningkatan investasi untuk tahun-tahun mendatang.
- Pembayaran utang negara dengan bertahap kepada IMF.
- Peningkatan anggaran pendidikan minimal 20% dari APBN.
- Membentuk lembaga untuk menanggulangi masalah kemiskinan, yaitu Tim Nasional Percepatan Penanggulangan Kemiskinan (TNP2K).
Jadi, masa kepemimpinan SBY pertama berlangsung sejak 20 Oktober 2004-20 Oktober 2009. Beberapa kebijakan yang diambil pada masa ini seperti membentuk sejumlah institusi hukum, membentuk beberapa lembaga baru di ranah eksekutif, meningkatkan penerimaan negara, meluncurkan program BOS, dan penyelesaian konflik GAM.
SBY kembali terpilih menjadi Presiden untuk kedua kalinya sejak 20 Oktober 2009-20 Oktober 2014. Kebijakan-kebijakan beliau di periode kedua ini seperti pembentukan Setgab, peningkatan investasi, pembayaran utang kepada IMF, meningkatkan anggaran pendidikan, dan membentuk lembaga untuk menanggulangi kemiskinan.