Pupuk organik adalah pupuk yang tersusun dari pelapukan makhluk hidup, seperti pelapukan sisa-sisa tanaman, hewan, dan manusia. Pupuk organik dapat dibedakan menjadi beberapa macam yaitu pupuk kandang, pupuk hijau dan pupuk kompos. Pupuk kandang adalah pupuk yang berasal dari kotoran hewan. Misalnya, kotoran kambing, sapi, domba, dan ayam. Pupuk hijau adalah pupuk organik yang berasal dari tanaman atau berupa sisa panen. Contohnya kacang-kacangan dan tanaman paku air (Azolla). Jenis tanaman yang dijadikan sumber pupuk hijau diutamakan dari jenis legume, Hal ini dikarenakan mengandung unsur hara yang relatif tinggi, khususnya nitrogen. Pupuk Kompos adalah pupuk yang terbuat dari sisa bahan organik yang berasal dari tanaman, hewan, dan limbah organik yang telah mengalami proses dekomposisi atau fermentasi. Pupuk kompos dapat dibuat dari jerami, sekam padi, tanaman pisang, gulma, sayuran yang busuk, sisa tanaman jagung, dan sabut kelapa. Selan itu kotoran ternak, urine, pakan ternak yang terbuang juga dapat digunakan sebagai pupuk kompos.
Jadi, pupuk yang berasal dari pelapukan sisa-sisa tanaman, hewan dan manusia disebut pupuk organik.