Perairan antarpulau Indonesia bukan sebagai pemisah melainkan penghubung, karena wilayah laut yang terletak di antara pulau-pulau Indonesia menjadi pemersatu, dengan menjadi laut teritorial yang menjadi wilayah Indonesia dan jalur transportasi antar pulau tersebut.
Pada saat sebelum Deklarasi Juanda diumumkan pada tanggal 13 Desember 1957 oleh Perdana Menteri Indonesia pada saat itu, Djuanda Kartawidjaja, wilayah perairan Indonesia sangat terbatas, hanya sejauh 3 mil laut dari garis pantai.
Wilayah perairan diluar garis 3 mil laut ini dianggap laut bebas dan di luar wilayah kedaulatan Indonesia. Akibat keterbatasan ini, wilayah pulau-pulau Indonesia menjadi terpisah-pisah oleh laut, selat dan teluk diantaranya.
Misalnya, pulau Kalimantan dan Jawa terpisah oleh laut Jawa. Wilayah Laut Jawa yang berada lebih dari 3 mil laut di luar garis pantai pulau Kalimantan dan Jawa dianggap laut lepas. Sehingga, pulau Jawa dan Kalimantan dipisahkan oleh laut lepas yang bukan wilayah Indonesia saat itu.
Setelah deklarasi Juanda diumumkan, batas wilayah perairan Indonesia diperpanjang hingga 12 mil laut dari garis pantai. Wilayah laut teritorial di antara pulau-pulau Indonesia ini juga dinyatakan menjadi wilayah kedaulatan Indonesia. Indonesia memiliki kekuasaan untuk mengelola wilayah ini dan membatasi tindakan kapal negara asing di sini. Wilayah ini menjadi tanggung jawab keamanan Indonesia.
Wilayah laut teritorial ini sangat penting bagi bangsa Indonesia, sebab menjadi jalur transportasi antar pulau. Misalnya, laut ini menjadi jalur kapal yang membawa beras, hasil hutan dan penumpang melalui kapal layar Pelni.