Disaat sudah menduduki Indonesia, para penjajah mengubah sistem kepemimpinan dari turun temurun menjadi pemerintahan modern. Bupati dijadikan pegawai negeri dan digaji. Bagi penjajah, bupati adalah alat kekuasaan. Penjajah melakukan intervensi terhadap kerajaan seperti menentukan siapa yang menjadi bupati selanjutnya. Alhasil, elit kerajaan kurang leluasa dalam pergerakan politik.
Karena tujuan penjajah datang ke Indonesia untuk mencari rempah-rempah, mereka harus membuat infrastruktur untuk mengangkut pasokan bahan makanan. Maka dari itu, penjajah punya andil dalam pembuatan pembangunan rel kereta dan jalan raya. Bahkan mereka juga membangun waduk dan saluran irigasi. Selain itu, mereka juga membangun industri pertambahan dengan membuka kilang minyak bumi di Tarakan, Kalimantan Timur. Namun, karena selalu dipaksa menjadi penghasil bahan mentah, membuat perdagangan nusantara menjadi mundur karena tidak tahu cara mengolah bahan mentah
Kedatangan kolonial memperburuk sosial budaya kita. Adanya Belanda membuat pribumi terbiasa hidup dalam kotak-kotak masyarakat. Penjajah dengan sengaja membuat kasta antar golongan. Kasta yang dibuat oleh penjajah antara lain bangsa Eropa adalah yang tertinggi, disusul Asia, Timur Jauh, dan, kasta terendah adalah kaum pribumi. Selain itu, karena penjajah menerapkan Bahasa mereka, kaum pribumi banyak menyerap bahasa dari penjajah seperti bahasa Belanda, Portugis, dan Inggris.
Karena mengakibatkan dampak buruk bagi masyarakat Indonesia, akhirnya kaum pribumi melakukan berbagai macam perlawanan seperti perlawanan senjata dan perlawanan diplomatik.
Dengan demikiaj dampak imperialisme dan kolonialisme di bidang politik adalah membawa sistem pemerintahan modern, dalam bidang ekonomi banyak mengeksploitasi rempah-rempah Indonesia, dan di bidang sosial adalah adanya sebuah stratifikasi sosial yang menempatkan kaum pribumi pada bagian terbawah. Melihat berbagai ketidaksewenangan yang dilakukan oleh bangsa Eropa tersebut membuat kaum pribumi merespon dengan melakukan berbagai macam perlawanan, baik di bidang fisik maupun diplomatik.