Persebaran nenek moyang Indonesia secara besar-besaran terjadi pada masa Neolitikum (zaman Batu Muda) dalam dua gelombang berbeda, yakni Proto Melayu (Melayu Tua) dan Deutro Melayu (Melayu Muda). Proto Melayu diyakini sebagai nenek moyang orang Melayu Polinesia yang tersebar dari Madagaskar sampai pulau-pulau paling timur di Pasifik. Mereka diperkirakan datang dari Cina bagian selatan. Ras Melayu ini mempunyai ciriciri rambut lurus, kulit kuning kecoklatan-coklatan, dan bermata sipit. Dari Cina bagian selatan (Yunan) mereka bermigrasi ke Indocina dan Siam, kemudian ke Kepulauan Indonesia. Proto Melayu membawa peradaban batu di Kepulauan Indonesia.
Deutero Melayu merupakan ras yang datang dari Indocina bagian utara. Mereka membawa budaya baru berupa perkakas dan senjata besi di Kepulauan Indonesia, atau Kebudayaan Dongson. Mereka dapat membuat perkakas dari perunggu. Peradaban mereka ditandai dengan keahlian pengolahan logam dengan sempurna. Perpindahan mereka ke Kepulauan Indonesia dapat dilihat dari rute persebaran alat-alat yang mereka tinggalkan di beberapa kepulauan di Indonesia, yaitu berupa kapak persegi panjang. Peradaban ini dapat dijumpai di Malaka, Sumatera, Kalimantan, Filipina, Sulawesi, Jawa, dan Nusa Tenggara Timur. Dalam bidang pengolahan tanah mereka mempunyai kemampuan untuk membuat irigasi pada tanah pertanian yang berhasil mereka ciptakan dengan membabat hutan terlebih dahulu. Ras Deutero Melayu juga mempunyai peradaban pelayaran lebih maju dari pendahulunya karena petualangan mereka sebagai pelaut dibantu dengan penguasaan mereka terhadap ilmu perbintangan.
Dengan demikian, bangsa Proto Melayu (Melayu Tua) memiliki peradaban yang masih sederhana ditandai dengan hasil budaya yang terbuat dari batu, sedangkan bangsa Deutro Melayu (Melayu Muda) memiliki peradaban yang lebih maju dengan keahlian membuat perkakas dari logam serta kemahirannya dalam pengolahan lahan.