Pembentukan urin dimulai dari filtrasi darah pada glomerulus melalui arteri aferen. Darah difiltrasi oleh sel khusus pada glomerulus yang disebut podosit. Filtrasi darah meloloskan hampir semua zat yang terlarut dalam plasma, kecuali eritrosit dan protein besar seperti albumin. Darah yang telah terfiltrasi diangkut keluar dari nefron melalui arteri eferen. Filtrat glomerulus yang masih banyak mengandung zat-zat berguna bagi tubuh, seperti glukosa dan asam amino, disebut sebagai urin primer.
Komponen dari urin primer yang masih diperlukan oleh tubuh akan mengalami reabsorpsi pada tubulus kontortus proksimal. Urin juga mengalami penambahan sejumlah kecil amonia dan penyerapan sebagian besar ion bikarbonat sebagai buffer. Urin hasil reabsorpsi tubulus proksimal disebut urin sekunder.
Reabsorpsi berlanjut pada lengkung Henle. Lengkung Henle menurun memiliki afinitas yang besar terhadap air karena sel-selnya banyak mengandung akuaporin. Reabsorpsi air menyebabkan urin semakin pekat. Kemudian, pada saluran menaik lengkung Henle, terjadi reabsorpsi garam natrium.
Urin kemudian masuk ke tubulus kontortus distal. Pada saluran ini, terjadi regulasi ion dalam urin sebagai respons dari sistem hormon renin-angiotensin-aldosteron (RAA). Selain itu, terjadi penambahan urea dan reabsorpsi sebagian ion bikarbonat. Urin hasil pemrosesan tubulus distal disebut sebagai urin sesungguhnya.
Urin kemudian masuk pada tubulus kolektivus, yang merupakan saluran pengumpul dari beberapa nefron. Tubulus kolektivus mengangkut filtrat dari nefron menuju pelvis ginjal.