Persebaran Islam di Indonesia terjadi secara bertahap. Daerah yang pertama mendapat pengaruh Islam adalah daerah Indonesia bagian Barat. Daerah ini merupakan jalur perdagangan internasional sehingga pengaruh Islam dapat dengan cepat tumbuh di sana. Di daerah ini berkembang beberapa pusat kerajaan Islam seperti Samudera Pasai danAceh. Dari sini kemudian Islam menyebar ke kota-kota pelabuhan yang ada di Indonesia seperti Banten, Jepara, Gresik, Tuban, Makassar, serta Ternate dan Tidore. Islam yang datang ke Indonesia membawa pengaruh besar pada masa kini di berbagai hal.
Pada hal ekonomi, dapat dilihat dari perdagangan antar pulau dan antar negara yang masih dilakukan hingga saat ini. Salah satunya di Pulau Batam (Riau) serta Bangka dan Belitung menjadi beberapa tempat yang memiliki lokasi strategis di Selat Malaka sebagai jalur perdagangan.
Pada hal kebudayaan dapat dilihat dari bahasa melayu yang berkembang bersamaan dengan perkembangan perdagangan Islam di Indonesia pada abad ke-15 M. Selain itu Huruf Arab-Melayu mulai dikenal pada masa kerajaan Islam Nusantara dan digunakan dalam surat, kaligrafi, dan karya sastra.
Pada hal pendidikan dapat dilihat dari sistem pendidikan Islam saat ini yang diadaptasi dari sistem pendidikan Samudra Pasai yang pernah menjadi pusat studi Islam di Nusantara, dan menyiarkan Islam di wilayah Malaka. Sistem pendidikan Islam ini diadaptasi oleh sekolah-sekolah saat ini seperti pesantren ataupun madrasah.
Dengan demikian, Islam yang datang ke Indonesia membawa pengaruh besar dalam hal ekonomi berupa jalur perdagangan yang strategis; budaya berupa bahasa, gaya tulisan, maupun akulturasi bangunan; dan pendidikan berupa sistem pendidikan Islam yang diaplikasikan pada pesantren maupun madrasah.