Struktur tubuh tumbuhan monokotil dan dikotil memiliki perbedaan yaitu sebagai berikut:
Tumbuhan monokotil memiliki satu keping kotiledon, sedangkan tumbuhan dikotil memiliki dua keping kotiledon.
Tumbuhan monokotil memiliki perakaran serabut serta ujung akarnya dilindungi oleh koleoriza, sedangkan tumbuhan dikotil memiliki perakaran tunggang serta ujung akarnya tidak dilindungi oleh koleoriza.
Tumbuhan monokotil memiliki batang tidak bercabang, tidak berkambium serta ujung batangnya dilindungi oleh koleoptil. Sedangkan tumbuhan dikotil, batangnya bercabang, berkambium, serta ujung batangnya dilindungi oleh koleoptil. Tipe pembuluh angkut pada batang monokotil yaitu kolateral tertutup (floem terletak di sebelah luar xilem, di antara xilem dan floem tidak terdapat lapisan kambium), sedangkan tipe pembuluh angkut pada batang dikotil yaitu kolateral terbuka (terdapat kambium diantara xilem dan floem).
Tumbuhan monokotil memiliki pertulangan daun sejajar atau melengkung, sedangkan tumbuhan dikotil memiliki pertulangan daun menyirip atau menjari.
Tumbuhan monokotil bunganya memiliki jumlah petal 3 atau kelipatannya, sedangkan tumbuhan dikotil bunganya memiliki jumlah petal 2, 4, 5, atau kelipatannya.