Apabila proses PCR dalam thermal cycler berlangsung denaturasi dengan suhu 94°C selama 1 menit 10 detik, annealing 54 °C selama 50 detik, dan extension 72 °C selama 2 menit. Jika berlangsung 4 siklus, maka berapa waktu yang dibutuhkan untuk sekali perbanyakan DNA ? (ket: inisiasi 0 menit & Final extension 0 menit).

Jawabannya adalah 5 menit dalam sekali siklus. Penemuan awal dari teknik PCR didasarkan pada tiga waterbaths yang mempunyai temperatur yang berbeda. Thermal-cycler pertama kali dipublikasikan pada tahun 1986, akan tetapi DNA polymerase awal yang digunakan masih belum thermostable, dan harus ditambahkan disetiap siklusnya, Proses PCR merupakan proses siklus yang berulang meliputi denaturasi, annealing dan ekstensi oleh enzim DNA polimerase. 1. Denaturasi untai ganda DNA merupakan langkah yang kritis selama proses PCR. Temperatur yang tinggi pada awal proses menyebabkan pemisahan untai ganda DNA. Temperatur pada tahap denaturasi pada kisaran 92-95ºC, suhu 94ºC merupakan pilihan standar. Membutuhkan waktu 1 menit 10 detik. 2. Primer Annealing, pengenalan (annealing) suatu primer terhadap DNA target tergantung pada panjang untai, banyaknya kandungan GC, dan konsentrasi primer itu sendiri. Optimalisasi temperatur annealing dimulai dengan menghitung Melting Temperature (Tm) dari ikatan primer dan DNA template. Membutuhkan waktu 50 detik. 3. Pada tahap extension ini terjadi proses pemanjangan untai baru DNA, dimulai dari posisi primer yang telah menempel di urutan basa nukleotida DNA target akan bergerak dari ujung 5’ menuju ujung 3’ dari untai tunggal DNA. Proses pemanjangan atau pembacaan informasi DNA yang diinginkan sesuai dengan panjang urutan basa nukleotida yang ditargetkan. Membutuhkan waktu 2 menit. Sekali siklus pada tiga proses di atas akan menghasilkan sekali perbanyakan DNA. Berarti jika ingin melakukan sekali perbanyakan DNA maka dibutuhkan waktu 1 menit 10 detik + 50 detik + 2 menit= 5 Menit dalam sekali siklus. 𝑱𝒂𝒅𝒊, 𝑱𝒂𝒘𝒂𝒃𝒂𝒏𝒏𝒚𝒂 𝒂𝒅𝒂𝒍𝒂𝒉 5 𝒎𝒆𝒏𝒊𝒕 𝒅𝒂𝒍𝒂𝒎 𝒔𝒆𝒌𝒂𝒍𝒊 𝒔𝒊𝒌𝒍𝒖𝒔.